Генетическое разнообразие некоторых генов митохондриальной ДНК в смешанной популяции нерки (Oncorhynchus nerka) р. Ола (северное побережье Охотского моря)

Цель: анализ первого этапа мониторинга генетического разнообразия двух генов мтДНК смешанной популяции нерки р. Ола.

Материалы и методы. Особи нерки пойманы во время нерестового хода в устье р. Ола в конце июня – начале июля 2014 г (13 особей), 2020 г (9 особей) и 2021 г (9 особей). Материал (кусочки мышц) хранился в замороженном состоянии. Выделение ДНК и определение нуклеотидных последовательностей указанных генов выполнено в ПАО «Синтол», г Москва. Последовательности нуклеотидов исследуемых генов мтДНК выровнены при помощи программы Clustal W, входящей в пакет MEGA версии 11. Указанная программа использована для оценки величины нуклеотидных различий (р-дистанций) между особями для конструирования дендрограмм. Метод кластеризации для построения дендрограмм невзвешенный попарно-групповой (UPGMA). Количественные параметры гаплотипического и нуклеотидного разнообразия найдены при помощи программы DnaSP, v. 5.

Результаты. Нуклеотидное разнообразие 31 нерки из трех выборок (2014, 2020 и 2021 гг.) из популяции р. Ола для гена цитохромоксидаза субъединицы 1 мтДНК (СO I) составило величину π=0,00505±0,000080, гаплотипическое разнообразие Hd = 0,708±0,0042. Указанные показатели для 18 особей из двух выборок (2020 и 2021 гг.) для гена цитохрома b (cyt b) мт ДНК π =0,00184±0,000075 и Hd = 0,699±0,0158. Отмечены существенные отличия в нуклеотидных наборах обоих генов между выборками разных лет. Возможно, что обнаруженные межгодовые отличия в нуклеотидных наборах выборок производителей нерки связаны с влиянием рыбоводных мероприятий, проводимых сотрудниками рыбоводного завода (Ольская ЭПАБ), расположенного на р. Ола.

1. Черешнев И. А. Лососевидные рыбы Северо-Востока России / И. А. Черешнев, В. В. Волобуев, А. В. Шестаков, С. В. Фролов // Владивосток: Дальнаука, 2002. — 496 с.

2. Хованский И. Е. Эколого-физиологические и биотехнологические факторы эффективности лососеводства / И. Е. Хованский // Хабаровск: Хабаровское книжное издательство, 2004. — 417 с.

3. Пустовойт С. П. Морфологическая структура нерки Oncorhynchus nerka р. Ола (северное побережье Охотского моря) / С. П. Пустовойт, П. С. Швец // Вестник Северо-Восточного государственного университета. — 2021. — № 35. — С. 14-24.

4. Пустовойт С. П. Генетическая изменчивость малочисленной популяции нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) р. Ола (северное побережье Охотского моря) / С. П. Пустовойт // Генетика. — 2001. - Т. 37. - № 12. - С. 1657-1662.

5. Пустовойт С. П. ДНК штрих-кодирование нерки {Oncorhynchus nerka) р. Ола, Охотское море / С. П. Пустовойт // Вестник Северо-Восточного государственного университета. — 2015. — № 23. — С. 54-60.

6. Бачевская Л. Т. Генетическое разнообразие нерки {Oncorhynchus nerka) из некоторых рек восточной Камчатки и материкового побережья Охотского моря по данным полиморфизма гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК / Л. Т. Бачевская, В. В. Переверзева, Г. Д. Иванова, О. А. Пильганчук, Г. А. Агапова, Н. Ю. Шпигальская // Исследования водных биологических ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана. — 2015. — Вып. 38. — С. 49-56.

7. Пономарева Е. В. Особенности разнообразия гаплотипов D—петли мтДНК нерки Oncorhynchus nerka (Walbaum) / Е. В. Пономарева, А. М. Хрусталева, М. В. Пономарева, А. А. Волков, Е. А. Шубина // Генетика и разведение животных. — 2018. — № 2. — С.45-50.

8. Ward R. D. The campaign to DNA barcode all fishes, EISH-BOL / R. D. Ward, R. Hanner, P. D. N. Hebert // Journal of Fish Biology. - 2009 - V. 74 - № 2 - P. 329-356.

9. Tamura K. MEGAll: Molecular evolutionary genetics analysis version 11 / K. Tamura, G. Stecher, S. Kumar // Molecular Biology and Evolution. — 2021. — 38. — P. 3022-3027.

10. Librado P. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data / P. Librado, J. Rozas // Bioinformatics. — 2009. — № 25. — P. 1451-1452.

11. Ней M. Молекулярная эволюция и филогенетика / М. Ней, С. Кумар // К.: КВЩ, 2004. — 418 с.

12. Салменкова Е. А. Механизмы хоминга лососевых рыб / Е. А. Салменкова // Успехи современной биологии. - 2016. - Т.136. - №6. - С.593-607.