Биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена цитохромоксидаза мтДНК палтусов (Pleuronectidae)
https://doi.org/10.31043/2410-2733-2020-1-37-43
Аннотация
Проведен сравнительный биоинформационный анализ нуклеотидного состава участка гена цитохромоксидаза субъединицы 1 мтДНК североохотоморских палтусов с представителями других родов палтусов. Статистический анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена цитохромоксидаза 1 (Co-1) мтДНК тихоокеанского белокорого палтуса Hippoglossus stenolepis позволил оценить гаплотипическое разнообразие - 0,852 ± 0,0059, нуклеотидное - 0,00430 ± 0,009465. Около 1% от всей величины нуклеотидного разнообразия у особей белокорого палтуса определяется генетическим различиями между североохотоморскими и североамериканскими популяциями. Анализ нуклеотидных последовательностей этого же гена у тихоокеанского черного палтуса Reinhardtius hippoglossoides matsuurae определил гаплотипическое разнообразие - 0,806 ± 0,0399, нуклеотидное разнообразие - 0,00185 ± 0,000149. Около 6% общей величины нуклеотидного разнообразия определяется межпопуляционными различиями между особями, отловленными в восточной и западной части ареала. Минимальная величина гаплотипического разнообразия определена у северной палтусовидной камбалы Hippoglossoides robustus, при этом у второго вида данного рода Hippoglossoides platessoides гаплотипическое разнообразие сходно с представителями двух других родов Cleisthenes и Hippoglossus. Максимальное значение гаплотипического разнообразия найдено у остроголовой камбалы - Cleisthenes herzensteini, представители родов Atheresthes и Reinchardtius имеют промежуточные значения. Вид Atheresthes stomias резко отделен от видов прочих родов, что связано с высокой степенью генетических отличий представителей данного рода от таковых из других родов.
Об авторах
С. П. Пустовойт
Северо-Восточный государственный университет
Россия
Россия
Пустовойт Сергей Павлович — кандидат биологических наук
685000, Магаданская область, г. Магадан, ул. Портовая, д. 13
Р. Р. Юсупов
НИИ биологических проблем Севера ДВО РАН
Россия
Россия
Юсупов Равиль Рашитович — кандидат биологических наук
685000, Магаданская область, г. Магадан, ул. Портовая, д. 18
Список литературы
1. Андрияшев А. Н. Рыбы северных морей СССР / А. Н. Андрияшев / М.-Л.: Издательство Академии Наук СССР. - 1954. - 568 с.
2. Линдберг Г. У. Рыбы Японского моря и сопредельных частей Охотского и Желтого морей / Г. У. Линдберг, В.В.Федоров // СПб.: Наука. - 1993. - 272 с.
3. Фадеев Н. С. Справочник по биологии и промыслу рыб северной части Тихого океана / Н. С.Фадеев// Владивосток: ТИНРО-Центр. - 2005. - 366 с.
4. Соколовский А. С. Рыбы российских вод Японского моря / А. С. Соколовский, В. А. Дударев, Т. Г. Соколовская, С. Ф. Соломатов // Владивосток: Дальнаука. - 2007. - 200 с.
5. Федоров В. В. Каталог морских и пресноводных рыб северной части Охотского моря / В. В. Федоров, И. А. Черешнев, М. В. Назаркин, А. В. Шестаков // Владивосток: Дальнаука. - 2003. - 204 с.
6. Дьяков Ю. П. Распространение и зоогеографическая характеристика камбалообразных рыб (Pleuronectiformes) Дальневосточных морей России/Ю.П.Дьяков // Исследования водных биологических ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана. - 2007. - Вып.9. - С. 205-229.
7. Юсупов Р. Р. Морфобиологические особенности, промысел и рыбохозяйственный статус белокорого палтуса Hippoglossus stenolepis (Pleuronectidae) в северной части Охотского моря / Р. Р. Юсупов, А. С. Лачугин, А. Н. Михайлов, М. В. Ракитина // Вестник СВНЦ ДВО РАН. - 2008. - №1. - С. 61-71.
8. Антонов Н. П. Использование сырьевой базы морских рыб в Дальневосточном рыбохозяйственном бассейне в 2018 году / Н. П.Антонов, А.В.Датский // Рыбное хозяйство. - 2019. - №3. - С.66-76.
9. Cooper J. A. Monophyly and interrelationships of the family Pleuronectidae (Pleuronectiformes), with a revised classification / J. A. Cooper, F. Chapleau // Fishery Bulletin. - 1998. - №96 (4). - P.686- 726.
10. Стефанов В. Е. БиоинфорМатика / В. Е. Стефанов, А. А.Тулуб, Г. Р. Мавропуло-Столяренко // М.; Издательство Юрайт. - 2019. - 252 с.
11. Потапова Н. А. Анализ нуклеотидных последовательностей гена цитохромоксидазы 1 (СО1) мтДНК полярной Liopsetta glacialis и полосатой Liopsetta pinnifasciata камбал (Pleuronectidae) Охотского моря /Н.А.Потапова, С. П. Пустовойт, Р. Р. Юсупов // Цитология и генетика. - 2014. - Т.48. - № 6. - С.11-16.
12. Пустовойт С. П. ДНК штрих-кодирование хоботной камбалы (Myzopsetta proboscidea) из Тауйской губы, Охотское море / С. П. Пустовойт, Р. Р. Юсупов // Вестник СВГУ. - 2016. - Вып. 24. - С. 42-46.
13. Пустовойт С. П. Генетическая дифференциация желтоперой камбалы (Limanda aspera) Тауйской губы, выявленная по нуклеотидным последовательностям фрагмента гена цитохрома b мтДНК / С. П. Пустовойт, Р. Р. Юсупов Р. Р. // Известия ТИРНО. - 2015 - Т. 183. - С.89- 96.
14. Пустовойт С. П. Анализ изменчивости нуклеотидной последовательности фрагмента гена цитохромоксидазы 1 мтДНК у тихоокеанского белокорого палтуса (Hippoglossus stenolepis) Охотского моря / С. П. Пустовойт, Р. Р. Юсупов // Исследования водных биологических ресурсов Камчатки и северо-западной части Тихого океана. - 2015. - №36. - С. 25- 33.
15. Kartavtsev Y. Ph. Cytochrome oxidase 1 gene sequence analysis in six flatfish species (Teleostei, Pleuronectidae) of Far East Russia with inferences in phylogeny and taxonomy / Y. Ph. Kartavtsev, S. N. Sharina, T. Goto, A. Y. Chichvarkhin, A. A. Balanov, K. A. Vinnikov, V. N. Ivankov, N. Nanzawa // Mitochondrial DNA. - 2008. - № 19(6). - P.479-489.
16. Knebelsberg T. A reliable DNA barcode reference library for the identification of the North European shall fish fauna. / T. Knebelsberg, M. Landi, H. Neumann, M. Kloppmann, A. F. Sell, P. Campbell, S. Laakmann, M. J. Raupach, G. Carvalho, F. Costa // Molecular Ecology Resources. - 2014. - №14(5). - P. 1060-1071.
17. Mecklenburg C. W. Biodiversity of arctic marine fishes: taxonomy and zoogeography / C. W. Mecklenburg, P. R. Moller, D. Steinke // Marine Biodiversity. - 2001. - №41. - P.109-140.
18. McCusker M. R. Barcoding Atlantic Canada's commonly encountered marine fishes / M. R. McCusker, D. Denti, van L. Guelpen, E. Kenchington, P. Bentzen // Molecular Ecology Resources. - 2012. - №13(2). - P.177-188.
19. Librado P. Dna SP v5. A software for comprehensive analysis of DNA polymorphic data / P. Librado, J. Rosas // Bioinformatics. - 2009. - № 3. - P.1451-1452.
20. Kumar S. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Molecular Biology and Evolution. - 2016. - №33. - P.1870-1874.
21. Nei M. Molecular evolution and Phylogenetics / M. Nei. S. Kumar // Oxford University Press. - 2000. - 333 p.
Рецензия
Для цитирования:
Пустовойт С.П., Юсупов Р.Р. Биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена цитохромоксидаза мтДНК палтусов (Pleuronectidae). Генетика и разведение животных. 2020;(1):37-43. https://doi.org/10.31043/2410-2733-2020-1-37-43
For citation:
Pustovoit S., Yusupov R. Bioinformation analysis of nucleotide sequences of the fragment of the gene cytochrome oxidase of halibut (Pleuronectidae). Genetics and breeding of animals. 2020;(1):37-43. (In Russ.) https://doi.org/10.31043/2410-2733-2020-1-37-43
Просмотров: 244
Послать статью по эл. почте 