Распределение QTL-ассоциированных SNP по общим и породоспецифичным участкам генома казахской белоголовой и аулиекольской пород

Цель: анализ и установление закономерностей распределения QTL-ассоциированных SNP по общим и породоспецифичным участкам генома казахской белоголовой и аулиекольской пород.

Материалы и методы. Изучены казахская белоголовая и аулиекольская породы. Материал для исследования – образцы волосяных луковиц 712 бычков казахской белоголовой и 452 – аулиекольской пород. Данные о генотипах животных получены с помощью ДНК-чипа GeneSeek GGP Bovine 150K. Полногеномное ассоциативное исследование (GWAS): расчет линейной регрессионной зависимости и коэффициентов детерминации выполнен с использованием Plink. Проведен GWAS-анализ четырех показателей роста: живая масса при рождении (ЖМР), живая масса при отъеме (ЖМО), живая масса в 12 месяцев (ЖМГ) и среднесуточный прирост живой массы (СП).

Результаты. Распределение QTL-ассоциированных SNP по общим и породоспецифичным участкам генома казахской белоголовой и аулиекольской породы является неравномерным. QTL-ассоциированные SNP обнаружены только на 6 участках генома из 25, выявленных в результате анализа участков гомозиготности (runs of homozygosity, ROH) (6 общих для двух пород - хромосомы: 3, 5, 6, 14, 20 и 24; 7 породоспецифичных участков для казахской белоголовой - хромосомы: 2, 4, 5, 6, 14 и 26; 12 породоспецифичных для аулиекольской породы - хромосомы: 1, 5, 6 и 14). Из 120 QTL-ассоциированных SNP казахской белоголовой и 49 аулиекольской породы в области ROH попадают 37 полиморфных сайтов. Из них 36 являются QTL-ассоциированными для казахской белоголовой породы и попадают в общие области для двух пород. Обнаружено, что различные полиморфные варианты одного гена (от 2 до 12 SNP) характеризуются однонаправленными значениями β (либо положительные, либо отрицательные).

1. Племяшов К. Геномная селекция - будущее животноводства / К. Племяшов // Животноводство России. – 2014. – № 5. – С. 2-4.

2. Селионова М. И. Геномная селекция в овцеводстве / М. И. Селионова, Л. Н. Скорых, И. О. Фоминова, Н. С. Сафонова // Сборник научных трудов Всероссийского научно-исследовательского института овцеводства и козоводства. – 2017. – Т. 1. – № 10. – С. 275-280.

3. Pickrell J. K. Joint analysis of functional genomic data and genome-wide associa-tion studies of 18 human traits / J. K. Pickrell // American Journal of Human Genet-ics. – 2014. – V. 94(4). – P.559-573. doi: 10.1016/j.ajhg.2014.03.004

4. Pickrell J. K. Joint analysis of functional genomic data and genome-wide association studies of 18 human traits / J. K. Pickrell // American Journal of Human Genetics. – 2014. – V. 94(4). – P.559-573.

5. https://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/index // 14.06.2022.

6. Curik I. Inbreeding and runs of homozygosity: a possible solution to an old problem / I. Curik, M. Ferencakovic, J. Solkner // Livestock Science. – 2014. – V. 166. – ê. 26-34.

7. Ilie D. E. Genome-Wide Association Studies for Milk Somatic Cell Score in Romanian Dairy Cattle / D. E. Ilie, A. E. Mizeranschi, C.V. Mihali et al. // Genes. – 2021. – V. 12(10). – P. 1495-1-1495-16.

8. Snelling W. M. Genome-wide association study of growth in crossbred beef cattle / W. M. Snelling, M. F. Allan, J. W. Keele et al. // Journal of animal science. – 2010. – V. 88(3). – P. 837-848.

9. Fagerberg L. Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics / L. Fagerberg, B.M. Hallstrom, P. Oksvold et al. // Mol Cell Proteomics. – 2014. – V. 13(2). – P. 397-406. doi: 10.1074/mcp.M113.035600.

10. Wang X. BAALC 1-6-8 protein is targeted to postsynaptic lipid rafts by its N-terminal myristoylation and palmitoylation, and interacts with alpha, but not beta, subunit of Ca/calmodulin-dependent protein kinase II / X. Wang, Q.B. Tian, A. Oka-no, et al. // Journal of Neurochemistry. – 2005. – V. 92 (3). – P. 647-659. doi:10.1111/j.1471-4159.2004.02902.x.

11. Li W. Polyubiquitin chains: functions, structures, and mechanisms / W. Li, Y. Ye. // Cell. Mol. Life Sci. – 2008. – V. 65. – P. 2397-2406. doi: 10.1007/s00018-008-8090-6.